Finalmente decidió probar suerte en los clubes más importantes de la provincia de Santa Fe. Primero intentó con Unión, pero como no le brindaban alojamiento decidió fichar para el club rival, Colón, donde comenzó a jugar profesionalmente en 1993. Durante 1994 jugó en la Primera "B" Nacional, pero en 1995 el equipo consiguió el ascenso a Primera División.
En 1998 pasó a Boca Juniors, con el que ganó casi todos sus títulos, y llegó a ser comparado por su manera de desenvolverse en el campo con jugadores de la talla de Cafú y Roberto Carlos. Luego de conseguir tres torneos locales, dos Copas Libertadores y una Copa Intercontinental, Ibarra fue transferido en julio de 2001 al Porto en 7,8 millones de euros.
Luego de militar una temporada en el Porto sin ser tenido en cuenta, fue cedido una temporada a Boca Juniors, donde ganó otra Copa Libertadores. Finalizada esta cesión, volvió a pasar a préstamo, esta vez al Monaco, con el que disputó la final de la Liga de Campeones de la UEFA en su edición 2003-04. Al cabo de esta cesión fue nuevamente cedido al Espanyol donde jugó una temporada. A mediados de 2005 rescindió su contrato para volver a Boca Juniors. En el equipo de la Ribera volvió a ganarse la titularidad y a conseguir varios títulos, a pesar de algunas lesiones que lo marginaron de no pocos encuentros.
El 22 de julio de 2009 se confirmó su desvinculación del Boca Juniors, luego que el jugador no aceptara renovar su contrato. No obstante, dos días después, el manager boquense, Carlos Bianchi, afirmó que el defensor se quedará un año más con el club 'Xeneize'.
